Sungai besar yang terdapat di Kabupaten Tabalong adalah Sungai Tabalong yang terbentuk oleh beberapa anak sungai yang berhulu di Pegunungan Meratus.
Berdasarkan pola aliran terdapat 1 DAS yang terbagi dalam 2 Sub DAS dan 6 Sub-sub DAS dengan luas catchment area masing-masing:
? DAS Tabalong (73,581 Ha)
? Sub Das Tabalong Kiwa (26.110 Ha) dan Tabalong Kanan (38.261 Ha)
? Sub-sub DAS Ayu (42.812 Ha), Uwi (39.504 Ha), Tutui (36.818 Ha), Missin (39.792 Ha), Kumap (40.470 Ha), dan Jaing (22.504 Ha).
Sungai Tabalong memiliki panjang ± 75 Km dan lebar ± 60 m dengan debit air 124,5 m3/detik, debit terbesar pada bulan April (209,1 m3/detik) dan terendah pada bulan September (25,8 m3/detik), sehingga terjadi perbedaan fluktuasi sebesar 205,5 m3/detik. Jika hujan terjadi secara berlebihan kapasitas sungai Tabalong tidak mencukupi yang menyebabkan banjir pada daerah rendah (Banua Lawas, Kelua, Pugaan, Muara Harus, dan Tanta).
Tabel 2.5.1
Banyaknya Desa yang Dilalui Sungai
Menurut Kecamatan di Kabupaten Tabalong
| No | Kecamatan | Jumlah Desa |
| (1) | (2) | (3) |
| 1. | Banua Lawas | 12 |
| 2. | Pugaan | 6 |
| 3. | Kelua | 9 |
| 4. | Muara Harus | 7 |
| 5. | Tanta | 13 |
| 6. | Tanjung | 15 |
| 7. | Murung Pudak | 8 |
| 8. | Haruai | 18 |
| 9. | Upau | 5 |
| 10. | Muara Uya | 14 |
| 11. | Jaro | 9 |
| 12. | Bintang Ara | - |
| Kabupaten Tabalong | 116 | |
Sumber : Podes SP10
Sungai-sungai lain yang terdapat di Kabupaten Tabalong antara lain, Sungai Anyar, Sungai Jaing, Sungai Kinarum. Sekitar 89 persen desa di Kabupaten Tabalong dilintasi aliran sungai.